对于急性坏死性溃疡性牙周炎，临床上一般选择痛苦小，有效而彻底的治疗方法，同时采取适当措施防止其复发。
局部清创术是治疗急性坏死性溃疡性牙周炎的常规方法，轻轻去除大块牙石，用3%双氧水含漱、擦洗去除坏死组织。急性期一般不进行深部刮治，以防将感染带入深部组织。病情较重的患者可口服甲硝唑等抗厌氧菌药物，甲硝唑每日3次，每次0.2g，服用三天一般可控制病情。病损愈合较快，不留后遗症。有全身中毒症状的患者应卧床休息，同时给予维生素C等支持疗法。进行口腔卫生指导也很有必要，告知患者应维持良好的口腔卫生，还应劝诫患者戒烟。对于精神紧张、压力大的患者，应促使患者缓解压力。
急性期过后，可以进行彻底的牙周系统治疗。一定告知患者坚持治疗，并说明疼痛的消失并不意味着治疗的终止，还应该治疗已存在的慢性牙周疾患，以防止急性症状再发。让患者了解并避免与其病情有关的发病诱因，使其密切配合医生完成彻底的系统治疗。